阴道囊肿一般没有症状不需治疗，如较大或发生感染可行剔除术。这是一个小手术，一般一天就能完成，留院观察1-2天，但是术后一月内不能性生活。
阴道囊肿以手术切除为主。如囊肿位置不太高，手术常不困难，但在剥离过程中须注意且勿伤及尿道或膀胱。如果恶性病大而位于穹窿深部，且向阔韧带内扩展时，则不可能经阴道将其完整的切除，即使同时经腹部手术，也非常困难。有些认为将残留的囊壁用刮匙刮后，将其残端的边缘分别和阴道粘膜切口的相应边缘缝在一起造口，再用纱条填塞阴道，压迫残留囊腔，有可能使残留的囊壁粘连闭合，即使不能粘连闭合，也不至于再充胀起来。(建议阅读：女性预防阴道恶性病如何做)
